הארגון מתמקד בטיפול נפשי פסיכיאטרי ופסיכולוגי ומסייע לפונים להתגבר על בעיות נפשיות ורגשיות כגון: דיכאון, הפרעות חרדה, הפרעות אישיות, בעיות ביחסים בינאישיים ומחלות נפש- בעיות הפוגעות בתפקוד האישי, המשפחתי, החברתי והתעסוקתי. הטיפול במגן מסייע לפונים לצאת ממעגל החיים השלילי אליו נקלעו. מגן הוא גוף טיפולי מקצועי יחודי בציבור החרדי הפועל בהכוונת רבנים, במקצועיות ובדיסקרטיות ומתאים עצמו לצרכים המיוחדים לציבור הדתי והחרדי.

ארגון מגן פועל במישורים הבאים

קו פתוח לציבור החרדי

תמיכה נפשית, מידע אודות הבעיה והכוונה לטיפול.
השירות ניתן ללא תשלום ברב שעות היום.

יעוץ וטיפול פסיכיאטרי

להתאמת טיפול תרופתי על ידי פסיכיאטרים מומחים.

אבחונים פסיכודידקטיים

לאבחון פסיכולוגי ולאבחון קשיי למידה.

טיפולים רגשיים לילדים ונוער:

טיפול פסיכולוגי

לבעיות רגשיות והתנהגותיות, C.B.T לבעיות חרדה, טיפול דינמי על ידי פסיכולוגים קליניים וחינוכיים מומחים.
בהשתתפות כללית מושלם.

תרפיות

באומנות, במשחק, בבעלי חיים וביבליותרפיה על ידי תרפיסטים מומחים.
הדרכת הורים לפי הצורך.
בהשתתפות מאוחדת שיא.

טיפול פסיכולוגי למבוגרים

טיפול דינמי קצר טווח וארוך טווח, טיפול C.B.T לבעיות דיכאון, חרדה, כפיתיות,התארגנות
על ידי פסיכולוגים קליניים ועוסי"ם קליניים בעלי תואר שני ובוגרי תוכנית לפסיכותרפיה. 

טיפול אלטרנטיבי

נותן מענה לפונים שמעונינים בטיפול אלטרנטיבי כהשלמה לטפול הרגשי,הראיה ההוליסטית תורמת להפחתת הסטיגמה.

פעילות מונעת

לאיתור מוקדם של בעיות רגשיות ונפשיות-התוכנית נותנת מודעות וכלים לזיהוי בעיות נפשיות, התוכנית מפעילה בירושלים הרצאות למורים, סדנאות להורים וכתבה שבועית בנושא איתור בעיות נפשיות ודרכי הטיפול בהן בעיתון "המודיע" לציבור החרדי, תחת הכותרת: "אפשר גם אחרת".

לווי מקצועי למימוש זכויות

קבלת קצבת נכות מבטוח לאומי,סל שיקום,השירות ניתן במחיר סמלי.